هیأت وزیران در جلسه تیرماه 1381 بنا به پیشنهاد شماره 13702-1 مورخ 12/4/1381 سازمان حفاظت محیط زیست آئین‌نامه تشکیل شورای حفاظت کیفی رودخانه کارون را تصویب کرد که ماده یک آن عبارت بود از: به منظور هماهنگی در جلوگیری از آلودگی رودخانه کارون و بهبود کیفیت آب این رودخانه تا حدی که آب شرب مردم شهرهای آبادان و خرمشهر را با کیفیت مناسب تأمین نماید و نیز در جهت ایجاد تعادل پایدار بین فعالیت‌های توسعه‌ای در بخش‌های کشاورزی، صنعت و اسکان جمعیت با حیات رودخانه کارون، شورای حفاظت کیفی رودخانه کارون تشکیل می‌شود. 

فعالیت این شورا طی سال های بعد متاسفانه با فراز و نشیب هایی روبرو شد که با آغاز به کار دولت یازدهم و در اولین سفرم به خوزستان در پاییز 92 مجددا شورا تشکیل جلسه داد و موضوع مورد پیگیری واقع شد.حالا اقدامات اجرایی و چند جانبه ای به طور هماهنگ با توجه به بررسی مصوبه کاهش آلودگی رودخانه کارون در شورای عالی آب در شرف وقوع است. آلودگی کارون چندین منشاء دارد که با پیگیری برنامه های مطالعاتی توسط چندین دانشگاه و بررسی پیشنهادات دستگاههای مختلف اجرایی مشخص شده است. براین اساس کاهش آلودگی‌های ناشی از صنایع، راه‌اندازی تصفیه‌خانه‌های فاضلاب شهرها شامل اهواز و 39 شهر دیگر، تصفیه‌خانه‌های فاضلاب روستایی و مدیریت پساب کشاورزی انجام می شود. همچنین کاهش مصرف سم و کود در زمین‌های کشاورزی از جمله برنامه‌های مهم برای کاهش آلودگی رودخانه کارون است.

در جلسه اخیر شورای عالی آب با حضور و تاکید آقای اسحاق جهانگیری معاون اول رییس جمهور، ساماندهی رودخانه کارون و ضرورت لحاظ آن طی برنامه ششم توسعه کشور به عنوان برنامه قطعی دولت مطرح شد و نماینده سازمان حفاظت محیط زیست به تشریح طرح‌های پیشنهادی، متولیان هر پروژه، اعتبارات مورد نیاز و زمان‌بندی اجرای طرح‌ها پرداخت.